أنشئت مؤسسة مياه لبنان الجنوبي ومركزها صيدا بعد صدور القانون رقم 221 في 29 أيار 2000، والذي قضى بدمج مصالح المياه الأربعة السابقة وهي صيدا، نبع الطاسة، صور، وجبل عامل والتي كان كل منها يعمل كوحدات مستقلة، دون أي تنسيق بينها، وتقوم بتشغيل وصيانة منشآتها لتوزيع المياه بشكل مستقل عن الأخرى.
حدد هذا القانون مهام مؤسسة مياه لبنان الجنوبي وقد استثنى المؤسسة، وفقاً لأحكام المادة السابعة من إدارة واستثمار مياه الري وأناط هذه المهام للمصلحة الوطنية لنهر الليطاني.
ويمكن تلخيص مهام مؤسسة مياه لبنان الجنوبي، بالنقاط التالية:
أ - درس وتنفيذ واستثمار وصيانة وتجديد المشاريع المائية لتوزيع مياه الشفة.
ب- جمع ومعالجة وتصريف المياه المبتذلة وفق المخطط التوجيهي العام للمياه والصرف الصحي أو لموافقة مسبقة من الوزارة على استعمال مصادر المياه العمومية أو على مواقع محطات تنقية المياه المبتذلة أو المصبات الجديدة لتصريف المياه المبتذلة.
ج- اقتراح تعرفات لخدمات مياه الشفة وتصريف المياه المبتذلة على أن تؤخذ بالاعتبار الأوضاع الإجتماعية والإقتصادية العامة.
د- مراقبة نوعية مياه الشرب الموزعة ونوعية المياه المبتذلة عند المصبات ومخارج محطات التنقية.
في العام 2002 أصدرت الحكومة المرسوم رقم 8122 تاريخ 3/7/2002 المتعلق بتطبيق قانون تنظيم قطاع المياه، وقد اقتصر هذا المرسوم على تحديد بعض دقائق تطبيق القانون رقم 221 تاريخ 29/5/2000 (تنظيم قطاع المياه)